1. 国家“十三五”科技重大专项任务级课题（2017ZX10301301-004-003）：结核重组BCG疫苗在人体的免疫应答特征及保护性评价指标。熊思东，2017-2020，75万元；
2. 国家“十三五”科技重大专项任务级课题（2017ZX10301301-001-006）：结核新疫苗的黏膜免疫佐剂及应答特征研究。徐薇，2017-2020，30万元；
3. 国家“十二五”科技重大专项（2013ZX10003007）：结核分枝杆菌潜伏感染的免疫学特征及特异性防治策略的临床前研究。熊思东，2013-2015，2035万元；
4. 国家“十二五”重大新药创制（2012ZX09401014）：基于免疫微环境的药物创新孵化基地及新药产品链的建设。李云森，2012-2015，416万元；
5. 国家“十二五”科技重大专项参与课题（2012ZX10003006-008）：治疗性结核疫苗的研制。徐薇，2011-2015，35.3万元；
6. 国家973计划课题（2013CB530501）：自身抗原特异性免疫识别的分子基础与调控机制及其对自身免疫反应的影响。熊思东，2013-2017，650万元；
7. 国家973计划子课题（2013CB531502）：持续性感染防治疫苗和佐剂的基础研究（抗原诱导保护性免疫的结构信息基础）。董春升，2013-2017，176万元；
8. 国家973计划课题（2010CB529102）：RA的自身免疫应答机制研究。高晓明，2009-2013，419万元；
9. 国家自然科学基金重大研究计划培育项目（91442110）：Cb1-b/C-Cb1双敲除DC在小鼠肝硬化发生发展中的作用及机制研究。张进平，2015-2017，90万元；
10. 国家自然科学基金重大研究计划培育项目（91029703）：IL-1α在肝脏慢性炎症及肿瘤发生过程中的作用及其对机体免疫调控网络的影响。刘海燕，2011-2013，55万元；
11. 国家自然科学基金面上项目（31670898）：胞外HMGB1协同放大自身DNA诱导自身免疫应答的机制。熊思东，2017-2020，70万元；
12. 国家自然科学基金面上项目（31670888）：ZBTB24在生发中心B细胞中的作用及其机制研究。王俊，2017-2020，60万元；
13. 国家自然科学基金面上项目（31670912）：胶原蛋白网络调控上皮细胞固有免疫应答的机制研究。张惠敏，2017-2020，60万元；
14. 国家自然科学基金面上项目（31670930）：肠道菌群调节的肠黏膜免疫调控病毒性心肌炎发病的机制。徐薇，2017-2020，60万元；
15. 国家自然科学基金面上项目（31570868）：乳铁蛋白免疫复合物的固有免疫增敏驯化效应分子机制研究。高晓明，2016-2019，80万元；
16. 国家自然科学基金面上项目（31570865）：USP2A调控磷酸化STAT1的泛素化及IFNs抗病毒功能的机制研究。郑慧，2016-2019，72万元；
17. 国家自然科学基金面上项目（31571460）：泛素E2结合酶UBE2N调控Wnt信号及其介导的乳腺癌转移的研究。周芳芳，2016-2019，78万元；
18. 国家自然科学基金面上项目（81571974）：I型单纯疱疹病毒皮层蛋白UL24逃逸宿主抗病毒天然免疫分子机制的研究。郑春福，2016-2019，72万元；
19. 国家自然科学基金面上项目（8157060305）：供体γδT 细胞在异基因造血干细胞移植中抗白血病和移植物抗宿主病的作用与机制研究。刘海燕，2016-2019，60万元；
20. 国家自然科学基金面上项目（31470880）：可转移性心肌内质网应激在柯萨奇病毒B3诱导的病毒性心肌炎发病中的作用及其机制研究。熊思东，2015-2018，95万元；
21. 国家自然科学基金应急管理项目（31450003）：“十三五”学科战略调研工作。熊思东，2014-2015，6万元；
22. 国家自然科学基金面上项目（31471265）：上皮细胞半桥粒在信号传导和机体自我防护过程中的功能研究。张惠敏，2015-2018，85万元；
23. 国家自然科学基金面上项目（31470869）：TLR13对柯萨奇病毒B3的固有免疫识别与炎症调控及其在病毒性心肌炎发病中的作用与机制。徐薇，2015-2018，85万元；
24. 国家自然科学基金面上项目（81471526）：LPS促进MDSCs扩增和极化的分子机制研究。张进平，2015-2018，75万元；
25. 国家自然科学基金面上项目（81471571）：蜱唾液蛋白的免疫生物学活性及其在疫苗开发和抗炎性疾病中的应用。戴建锋，2015-2018，71万元；
26. 国家自然科学基金面上项目（81470499）：线粒体calpain-1调控活性氧产生在糖尿病心肌病发生中的作用。彭天庆，2015-2018，68万元；
27. 国家自然科学基金面上项目（31470848）：自噬在病毒性心肌炎中的作用机制研究。董春升，2015-2018，85万元；
28. 国家自然科学基金面上项目（81471586）：新型白介素15 亚型蛋白在急性移植物抗宿主病中的作用及机制研究。胡博，2015-2018，71万元；
29. 国家自然科学基金面上项目（31370908）：钙网蛋白在免疫调节与肿瘤免疫中作用机制的研究。高晓明，2014-2017，90万元；
30. 国家自然科学基金面上项目（81371795）：人类疱疹病毒去泛素化酶（DUB）干扰宿主天然免疫等重要信号通路的研究。郑春福，2014-2017，100万元；
31. 国家自然科学基金面上项目（31370873）：IFNs诱导的抗病毒蛋白Viperin的泛素化及其对IFNs抗病毒功能的影响。郑慧，2014-2017，80万元；
32. 国家自然科学基金面上项目（31370871）：膜型乳铁蛋白在B细胞免疫功能中的作用及其机制研究。王俊，2014-2017，80万元；
33. 国家自然科学基金面上项目（31370894）：HMGB1在病毒性心肌炎内质网应激相关炎症中的作用及其分子机制。岳艳，2014-2017，80万元；
34. 国家自然科学基金面上项目（81273300）：自身凋亡DNA诱导的SLE疾病动物模型的建立及其特性研究。熊思东，2013-2016，130万元；
35. 国家自然科学基金面上项目（31271429）：上皮细胞半桥粒与细胞骨架的动态重组和调控机制。张惠敏，2013-2016，85万元；
36. 国家自然科学基金面上项目（31270973）：壳聚糖作用于肠道CD11b+DC增强B细胞分泌特异性SIgA的分子机制。徐薇，2013-2016，80万元；
37. 国家自然科学基金面上项目（31270939）：Cbl-b/C-Cbl对CD8+DC发育的抑制作用及机制研究。张进平，2013-2016，80万元；
38. 国家自然科学基金面上项目（81271792）：虫媒与病原体：蜱虫的固有免疫信号通路与蜱虫抗细菌感染机制的研究。戴建锋，2013-2016，70万元；
39. 国家自然科学基金面上项目（31270977）：CVB3类病毒颗粒的分子装配机制研究。董春升，2013-2016，70万元；
40. 国家自然科学基金面上项目（81273268）：供体NK细胞与IL-15在异基因造血干细胞移植中抗白血病复发的作用及机制研究。刘海燕，2013-2016，60万元；
41. 国家自然科学基金面上项目（31170878）：新型粘膜M细胞靶向递送系统诱导粘膜免疫应答的作用。岳艳，2012-2015，60万元；
42. 国家自然科学基金面上项目（81072413）：柯萨奇病毒性心肌炎中心肌巨噬细胞类型的性别差异性诱导的MCP1/IKK机制。熊思东，2011-2013，34万元；
43. 国家自然科学基金面上项目（37671978）：新型糖特异性免疫识别受体的研究。高晓明，2011-2013，35万元；
44. 国家自然科学基金面上项目（81072436）：供体NK细胞与IL-15对非清髓性异基因造血干细胞移植的促进作用及其作用机制。刘海燕，2011-2013，35万元；
45. 国家自然科学基金面上项目（81072409）：固有免疫分子TREM2对结合分枝杆菌的固有识别、应答及负调控机制。徐薇，2011-2013，30万元；
46. 国家自然科学基金青年项目（81602472）：EZH2的去泛素化调控在乳腺癌发生发展中的作用研究。刘畅，2017-2019，19万元；
47. 国家自然科学基金青年项目（31501139）：PARP11抑制IFNα介导的抗病毒功能及其机制探讨。郭婷婷，2016-2018，24万元；
48. 国家自然科学基金青年项目（31500700）：一个新的干扰素刺激基因TRIM69抑制登革病毒感染的作用与机制的研究。王克振，2016-2018，24万元；
49. 国家自然科学基金青年项目（31500728）：抗CD146抗体在异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病中的作用及机制研究。吴艳，2016-2018，24万元；
50. 国家自然科学基金青年项目（31500746）：减毒沙门氏菌传递的基于微基因与AIDA-1自转运蛋白的新型肿瘤疫苗。赵李祥，2016-2018，28.8万元；
51. 国家自然科学基金青年项目（81402830）：新型小分子抗结核杆菌多肽VV15的功能及其作用机制研究。卫林，2015-2017，23万元；
52. 国家自然科学基金青年项目（31400769）：单核细胞趋化蛋白诱导蛋白1在病毒性心肌炎中的免疫调节(和抗病毒)作用及其机制研究。李敏，2015-2017，25万元；
53. 国家自然科学基金青年项目（31400789）：新型VP1环肽疫苗诱生CVB3特异性免疫应答及其预防病毒性心肌炎的研究。齐兴梅，2015-2017，25万元；
54. 国家自然科学基金青年项目（31400737）：鞘糖脂对登革病毒复制组装的影响及其机制研究。潘文，2015-2017，24万元；
55. 国家自然科学基金青年项目（31300886）：载脂蛋白E4和I型单纯疱疹病毒感染协同导致老年痴呆的分子机制。李洁，2014-2016，28万元；
56. 国家自然科学基金青年项目（31300738）：膜结合型乳铁蛋白作为一种新型模式识别受体的研究。董红亮，2014-2016，23万元；
57. 国家自然科学基金青年项目（31300714）：RNA解旋酶DDX25促进登革病毒感染的作用及机制研究。冯婷婷，2014-2016，23万元；
58. 国家自然科学基金青年项目（81300553）：mir-184在反复自然流产中的作用及机制研究。董福禄，2014-2016，23万元；
59. 国家自然科学基金青年项目（31200648）：MMP3入核激活NFkB：MMP3抗登革病毒感染的新机制？戴建锋，2013-2015，25万元；
60. 国家自然科学基金青年项目（31200649）：类风湿性关节炎患者血液及关节液中可溶性钙网蛋白的纯化及免疫生物学活性研究。龚方苑，2013-2015，25万元；
61. 国家自然科学基金青年项目（31200672）：ZBTB24基因在获得性免疫应答中的作用及其机制研究。王俊，2013-2015，20万元；
62. 国家自然科学基金青年项目（31200660）：Mir-29b2对T1/T2 B细胞发育的调控作用及机制研究。夏菲，2013-2015，20万元；
63. 国家自然科学基金青年项目（81101263）：立即早期蛋白ORF61在水痘-带状疱疹病毒逃逸宿主天然免疫分子机制的研究。王帅，2012-2014，22万元；
64. 国家自然科学基金青年项目（81102271）：新型白介素15亚型蛋白在自身免疫疾病中的作用及机制研究。胡博，2012-2014，23万元；
65. 国家自然科学基金青年项目（31100633）：重组钙网蛋白激活调节性B淋巴细胞及机制研究。洪超，2012-2014，23万元；
66. 国家自然科学基金青年项目（81101257）：巨噬细胞中HIV整合前复合体(PIC)入核转运相关细胞因子的鉴定与研究。董春升，2012-2014，22万元；
67. 国家自然科学基金青年项目（31000370）：肿瘤相关微量鞘糖脂的线性离子阱质谱方法学研究。李云森，2011-2013，20万元；
68. 教育部博士点基金博导类（20123201110013）：寡糖结构免疫识别机制研究。高晓明，2013-2015，12万元；
69. 教育部博士点基金博导类（20133201110013）：病毒性心肌炎中的内质网应激：作用及机制研究。熊思东，2014-2016，12万元；
70. 教育部博士点基金新教师类（20113201120011）：新型粘膜M细胞靶向递送系统CPE30-chitosan-DNA的建立及应用。岳艳，2011-2013，4万元；
71. 教育部博士点基金新教师类（20123201120020）：膜结合型乳铁蛋白作为一种新型β淋巴细胞丝裂原受体的研究。董红亮，2013-2015，4万元；
72. 教育部博士点基金新教师类（20133201120019）：一种结核病治疗新方法的建立及应用。齐兴梅，2014-2016，4万元；
73. 国家留学人员回国基金：心肌炎病毒CVB3新型类病毒颗粒疫苗的制备和研究。董春升，3万元；
74. 国家留学人员回国基金：ZBTB24在滤泡辅助性T细胞（Tfh）分化和功能中的作用及其机制研究。王俊，3.5万元；
75. 国家博士后面上资助项目（2013M541725）：RNA解旋酶DDX25促进登革病毒感染的作用机制研究。冯婷婷，2013-2015，5万元；
76. 国家博士后面上资助项目（2014M561711）：去泛素化酶USP12对IFNs抗病毒功能的调节机制。钱光辉，2014-2016，5万元；
77. 江苏省2016年第二批省级地方教育附加支出补助经费，生物医学研究院，150万。江苏省财政厅、教育厅。
78. 江苏省自然科学基金创新学者攀登项目（BK2010004）：病毒性心肌炎发病新机制及防治策略研究。熊思东，2010-2013，100万元；
79. 江苏省杰出青年基金项目（BK20130004）：蛋白泛素化和去泛素化通路在HCV逃避IFNs免疫清除中的角色。郑慧，2013-2016，100万元；
80. 江苏省杰出青年基金项目（BK20160009）：物理损伤诱发上皮细胞固有免疫应答机制研究。张惠敏，2016-2019，100万元；
81. 江苏省高校自然基金重大项目（11KJA180003）：TRIM22对乙型肝炎病毒的固有免疫识别及其抗病毒机制研究。熊思东，2011-2014，30万元；
82. 江苏省高校自然基金重大项目（12KJA310004）：新型β-葡聚寡糖免疫识别受体研究。高晓明，2012-2015，15万元；
83. 江苏省高校自然基金重大项目（13KJA310004）：细菌脂多糖LPS通过上调Let-7e的表达促进MDSC扩增和极化的研究。张进平，2013-2016，15万元；
84. 江苏省高校自然基金重大项目（14KJA310005）：固有免疫在病毒性心肌炎发病中的作用及其机制。徐薇，2014-2017，15万；
85. 江苏省“333工程”科研项目（BRA2012145）：新型寡糖免疫识别受体的鉴定与研究。高晓明，2013-2015，25万元；
86. 江苏省 “333工程”科研项目（BRA2011137）：自身DNA的固有免疫识别在系统性红斑狼疮（SLE）发病中的作用及机制。熊思东，2011-2013，20万元；
87. 江苏省科技计划项目（BK2011288）：参与肝癌恶性转移的特异性鞘糖脂的鉴定及作用机制研究。李云森，2011-2013，8万元；
88. 江苏省自然科学基金青年项目（BK2012180）：蜱虫的固有免疫信号通路和蜱虫抗细菌感染机制的研究。戴建锋，2012.11-2015.06，20万元；
89. 江苏省自然科学基金面上项目（BK2012617）：mir-29b2对T1/T2 B细胞发育的调控及机制研究。张进平，2012-2015，10万元；
90. 江苏省自然科学基金青年项目（BK20140370）：结直肠癌患者血清中蛋白异常糖基化研究。解晴，2014-2017，20万；
91. 江苏省自然科学基金青年项目（BK20140371）：锌指蛋白ZC3H12A对CVB3诱发的病毒性心肌炎的免疫调节作用及其机制探讨。李敏，2014-2017，20万；
92. 江苏省自然科学基金青年项目（BK20140322）：I型单纯疱疹病毒丝氨酸蛋白酶VP24干扰宿主天然免疫信号通路的研究。王克振，2014-2017，20万；
93. 江苏省自然科学基金青年项目（BK20140362）：新型小分子抗结核杆菌多肽VR15的功能及抗菌分子机制。卫林，2014-2017，20万；
94. 江苏省自然科学基金青年项目（BK20150354）：NR4A1激活TGF-β通路并拮抗NF-kB炎症信号在肝脏免疫性疾病发生和发展中的作用。周芳芳，2015-2018，20万；
95. 江苏省自然科学基金青年项目（BK20160331）：Junctophilin-2对心脏脂中毒过程中内质网应激和细胞凋亡的保护作用和机制研究。黄一帆，2016-2019，20万；
96. 江苏省自然科学基金青年项目（BK20160315）：类风湿因子相关的IgG N糖结构及功能研究。王艳萍，2016-2019，20万；
97. 江苏省高校自然18新利备用网站 面上项目（15KJB320015）：减毒沙门氏菌传递的基于微基因与AIDA-1的肿瘤疫苗。赵李祥，2015-2017，3万元；
98. 江苏省自然18新利备用网站 面上项目（14KJD350003）：新型小分子抗结核杆菌多肽 VV15 的功能与作用机制研究。卫林，2014-2016，自筹；
99. 江苏省自然18新利备用网站 面上项目（13KJB310018）：HSV-1 ICP22互作宿主蛋白的筛选及生物学功能研究。王帅，2013-2015，3.2万元；
100. 江苏省自然基金面上项目（12KJB310017）：RA患者血清钙网蛋白免疫刺激激活性及其分子机制研究。龚方苑，2012-2014，3万元；
101. 江苏省高校自然基金面上项目（12KJB310015）：HMGB1在病毒性心肌炎内质网应激中的作用及其机制研究。岳艳，2012-2014，3万元；
102. 江苏省高校自然基金面上项目（11KJB180011）：重组钙网蛋白抑制小鼠实验型自身反应性脑脊髓炎的研究。洪超，2011-2013，3万元；
103. 江苏省博士后科研资助项目（1401149C）：去泛素化酶USP12对IFNs抗病毒功能的调节机制。钱光辉，2014-2016，1万元；
104. 江苏省博士后科研资助项目（1402176C）：MCPIP1在病毒性心肌炎中的免疫治疗作用及其调节机制。李敏，2014-2016，1万元；
105. 教育部创新团队：免疫识别与免疫应答机制的应用基础研究。高晓明，2011-2017，600万元；
106. 中央财政支持地方高校发展专项资金(GJ121002)：生物医药创新团队。熊思东，2010-2013，650万元；
107. 江苏省创新团队计划：重大疾病的免疫识别理论及免疫防治策略。熊思东，2012-2015，300万元；
108. 江苏省高校“青蓝工程”科技创新团队：感染与免疫：慢性感染性疾病发病的免疫学机制及其防治策略研究。熊思东，2011-2013，60万元；
109. 江苏省重点实验室：感染与免疫。熊思东，2010-2013，300万元；
110. 苏州市重点实验室（SZS201109）：治疗性抗体及其关键技术。熊思东，2011-2014，40万元；
111. 苏州市重点实验室（SWG0904）：抗肿瘤生物技术药物重点实验室。刘海燕，2009-2012，60万元；
112. 苏州市科技发展计划项目（应用基础研究 医疗卫生）（SYS201515）：自身免疫病相关免疫球蛋白异常糖基化研究。王艳萍，2015-2018，3万元；
113. 苏州市科技发展计划项目（农业科技创新）（SNG201607）：双功能宿主防御肽对秀丽白虾生长及免疫影响的应用研究。冯婷婷，2016-2019，5万元；
114. 苏州市科技发展计划项目（应用基础研究 医疗卫生）（SYS201667）：超强活性免疫复合物在类风湿性关节炎中的致病机制研究。龚方苑，2016.07-2019.06，3万元。